阿尔金山自然保护区里的沙漠奇观堪称一绝，其中尤以东北部的库木库里沙漠和鲸鱼湖东部的积沙滩新月形沙丘最为著称，海拔高度在3916至4706米之间，主要由高大的金字塔沙丘与复合形新月形沙丘组合而成。在鲸鱼湖以东的积沙滩新月形沙丘，海拔高度达4800至5000米，它们的高度比号称世界第一高程的南美洲阿塔卡玛沙漠还要高出2000米左右。毫无疑问，它是当今世界沙漠海拔高度之最。该沙漠掩埋了近代河床及冰积物，活动性较大，至今仍在堆积上升。沙丘底部潜水丰富，水依新月形沙丘而汇聚，集成月牙形水泊，名曰月牙泉。夏季形成小湖，碧兰清澈，冬季封冻结冰，白如银月，大可与敦煌鸣沙山的月牙泉争奇斗艳。库木塔格沙漠是野牦牛活动区，蓝天、黄沙、碧水和成群结队的野牦牛构成了阿尔金山自然保护区独特迷人的景观。